Cuando se presenta La Niña, el declive del nivel del mar se incrementa, elevandose más en el oeste y profundizandose en el este. El declive de la termoclina tambien aumenta, haciendose más notorio en los bordes occidental y oriental de la cuenca. 

Los vientos alisios se fortalecen, reduciendo la piscina caliente y enfriando el Pacífico tropical. Por otro lado, el clima se hace más seco y frío en las costas de Sudamerica. La convección atmosférica se dirige hacia el borde occidental de la cuenca y las lluvias son abundantes sobre Indonesia. Finalmente, las aguas frias afloran con mayor fuerza en la costa oeste de Sudamerica y los stocks de anchoveta son más abundantes.